Οι λόγιοι δεν ήταν πάντα κληρικοί στην Κρήτη του ΙΣΤ΄αιωνα, ούτε οι περισσότεροι κληρικοί ήταν λόγιοι. Ωστόσο κύριος φορέας της λόγιας παράδοσης ήταν η Εκλησία.
Ο μεγάλος αριθμός των ναών, των μοναστηριών, και και των ιδιωτικών ναών του Κάστρου δείχνει έντονο θρηκευτικό βίο. Οι λατινικές εκκλησίες ήταν πάνω απο είκοσι, οι ελληνικές περισσότερες απο εκατό, και τα μοναστήρια ανδρικά και γυναικεία, περίπου δώδεκα.
Οι δυτικοί καλόγεροι -οι φράροι- Φραγκισκανοί, Δομινικανοί, Καπουτσίνοι, και τα μικρότερα τάγματα των Βενεδικτίνων, Σερβίτων, και για ένα διαστημα, των Ισουϊτών, ήταν μυρμιγκιά. Ωστόσο οι διάφοροι προβλεπτές, στίς αναφορές τους στην κεντρική διοικηση παραπονούνται για τον μικρό αριθμό των πιστών που εκκλησιάζονται.
Ο ανταγωνισμός ανάμεσα στην ορθοδοξία και τον καθολικισμό, αναγωνισμό όχι μόνο δυο δογμάτων, αλλά και δύο Γενών,των Γραικών και των Λατίνων, γινόταν συχνά αφορμή προστριβών και επεισοδίων. Μεγάλο σάλο προξένησε στην Κρήτη, στα μέσα του ΙΕ΄αιώνα, η Ενωση της φλωρεντίας, και η προσχώρηση σ΄αυτήν, όχι μόνο πολλών κρητικών λογίων, που ζούσαν στην Ιταλία, αλλά και μερικών παπάδων της Κρήτης, που με διάφορες υποσχέσεις είχαν παρασυρθεί απο τον Λατίνο αρχιεπίσκοπο.
Η Βενετία τις τελευταίες δεκαετίες της κυριαρχίας της στην Κρήτη, περιμένοντας απο μέρα σε μέρα την τουρκική επίθεση, προσπαθεί να χαλαρώσει την ένταση στις σχέσεις των δύο στοιχείων, και να κερδίσει την εμπιστοσύνη των ορθοδόξων. Στα 1575 το Συμβούλιο των Δέκα, αποφάσισε να εγκαταστήσει στην Κρήτη σύνοδο με μητροπολίτη και τέσσερεις επισκόπους ορθόδοξους, αλλά ο προβλεπτής Foscarini, φανατικός καθολικός, αρνήθηκε να εκτελέσει τη διαταγή και προκάλεσε την άρση της. Ωστόσο η λατινική εξουσία περιόριζε τις προσηλυτιστικές ενέργειες της Ρώμης, και τις υπερβάσεις του λατινικού κλήρου της Κρήτης, αρνιόταν στη λατινική εκκλησία το δικαίωμα να επεμβαίνει στις υποθέσεις των ορθοδόξων, και εμπόδιζε την Ιερά Εξέταση να καταδιώκει Ελληνες.
Η πολιτική αυτή ( που κάποτε οδήγησε σε ρήξη ανάμεσα στον Βενετό Δούκα, και τον Λατίνο αρχιεπίσκοπο), και η μακροχρόνια συμβίωση των δύο στοιχείων, είχαν σαν αποτέλεσμα την αμοιβαία ανοχή Ελλήνων και Λατίνων στο Κάστρο, και σ΄όλη την Κρήτη. Μνημονεύονται μεμονωμένα εκκλησίες, που είχαν δύο Αγιες Τράπεζες, ορθόδοξη και καθολική, λειτουργείες, που έγιναν απο καθολικό ιερέα σε ορθόδοξο ναό, και ταυτόχρονη τέλεση λειτουργίας, ελληνικής και λατινικής, στην ίδια εκκλησία.
Τα κείμενα μας λένε ότι "οι προύχοντες Γραικοί και άλλοι του ίδιου δόγματος, συχνά πηγαίνουν να ακούσουν την λειτουργεία σε λατινικές εκκλησίες, και οι Λατίνοι σε ελληνικές"... "Στην εορτή του Αγιου Φρακγίσκου, τα πλήθη έτρεχαν στην εκκλησία του", βάπτιζαν παιδιά με το όνομα του, όπως και με άλλα δυτικά ονόματα, και του τα έταζαν όταν ήταν άρρωστα. Στη Σαρακοστή στους καθολικούς ναούς το κήρυγμα γινόταν στα ιταλικά για τους Λατίνους, και στα ελληνικά για τους έλληνες. Το ίδιο γινόταν και στα ορθόδοξα γυναικεία μοναστήρια, όπου έτρεχαν σε πυκνά πλήθη οι καθολικές που δεν ήξεραν ιταλικά.
Οταν ο πάπας Γρηγόριος έκανε τη διόρθωση του ημερολογίου, -παλαιό νέο-, οι καθολικοί στήν Κρήτη εξακολούθησαν να εορτάζουν τις εορτές, σύμφωνα με το παλιό ημερολόγιο, για να εορτάζουν μαζί με τους έλληνες που δεν παραδεχόταν τη μεταρρύθμιση. "Μπορεί κανείς, γράφει ο Κορνήλιος, να φανταστεί τις μεγάλες εορτές, που τελούνταν με μεγάλη μεγαλοπρέπεια, ενωμένους τον λατινικό και ορθόδοξο κλήρο, καθώς επίσης και τον λαό ενωμένο να παρακολουθεί.
Ξακουστή ήταν η λιτανεία της Μεγάλης Παρασκευής, όπου έπαιρναν μέρος οι πολιτικές και στρατιωτικές αρχές, με τον Αρχιεπίσκοπο επικεφαλής. Ο ελληνικός κλήρος σηκώνοντας τον επιτάφιο, ξεκινούσε απο την Παναγία των Αγγέλων, και κατευθυνόταν στον Αγιο Τίτο, εκεί τον προϋπαντούσαν ο λατίνος Αρχιεπίσκοπος, οι Βενετοί αξιωματούχοι, και πληθος λατίνων ευγενών κρατώντας στα χέρια κεριά, και όλοι μαζί ενωμένοι γύριζαν πίσω στη Παναγία των Αγγέλων απ΄όπου είχε ξεκινήσει η πομπή.
Ωρισμένες φορές το χρόνο, τα Χριστούγεννα, τα Φώτα, το Πάσχα και στις εορτές του Αγίου Τίτου, και του Αγίου Μάρκου,γινόταν η τελετή του Laudo. Δηλαδή η τελετή του πολυχρονισμού του Δόγη της Βενετίας, και του Δούκα της Κρήτης. Απο το πρωϊ το δουκικό παλάτι στολιζόταν με τα οικόσημα, και τη σημαία του Δούκα. Οι ευγενείς, ο ελληνικός κλήρος, και οι αρχές της πολιτείας, πήγαιναν στο παλάτι και χαιρτούσαν τον Δούκα, που παρουσιαζόταν με την επίσημη στολή του.
Τότε όλοι μαζί με καθορισμένη σειρά ξεκινούσαν για το ναό του Αγίου Μάρκου η του Αγιου Τίτου. "Πηγαίνουν πρώτα αξιωματικοί, και ακολουθούν αμέτρητα τύμπανα, και σάλπιγγες, που παίζουν αδιάκοπα. Υστερα απ΄αυτά έρχονται με όμορφη τάξη οι Γραικοί ιερείς με τον πρωτοπαπά και τον πρωτοψάλτη".
Στο τέλος της λειτουργείας, όπου το Ευαγγέλιο διαβαζόταν στα ελληνικά και τα λατινικά, ακολουθούσε η ευχή "Για την υγεία, την τιμή, τη ζωή, και την παντοτινή δόξα του κυρίου- κυρίου Δόγη της Βενετίας" και ύστερα του "τιμημένου Δούκα παντός του Βασιλείου της Κρήτης". Η τελετή τελείωνε με την απελευθέρωση τριών καταδίκων, που πρότειναν ο πρωτοπαπάς και ο πρωτοψάλτης του Αγίου Μάρκου.
Οπως και σήμερα, τα δημόσια έργα εγκαινιάζονταν με αγιασμό και εντυπωσιακή τελετή, όπου παρευρισκόταν πλήθος κόσμου. Το 1628 τελείωσε στην πλατεία η κρήνη του Μοροζίνι που έφερε για πρώτη φορά νερό στο διψασμένο Χάνδακα. Τα εγκαίνια τα περιγράφει ο ίδιος ο Μοροζίνι. ην ημέρα της εορτής του προστάτη μας Αγίου Μάρκου, ο κόσμος είδε το νερό να τρέχει στην πλατεία απο οκτώ στόματα λιονταριών, και με μεγάλη επισημότητα ευλογήθηκε το έργο απο τον πανιερώτατο αρχιεπίσκοπο με το λατινικό κλήρο, και απο τον πρωτοπαπά με τον ελληνικό, μπροστά σε αμέτρητο πλήθος λαού και στρατού, που χειροκροτούσε και δόξαζε το Θεό και τη Γαληνοτάτη Δημοκρατία...
