Ο κίνδυνος της πανούκλας - του θανατικού- ήταν τα χρόνια του μεσαίωνα γενικός, για όλες τις πολιτείες Δύσης και Ανατολής.
Μεγάλες επιδημίες έπεσαν και στην Κρήτη, και ειδικά στο Κάστρο, το 1456, το 1523,και το 1592. Η τελευταία που ήταν και η πιο τρομερή, κράτησε με διακοπές και άνιση θνησιμότητα ως το 1595, δηλαδή πάνω απο τρία χρόνια. Στο διάστημα αυτό πέθαναν οκτώ χιλιάδες μόνο στο Κάστρο - ο μισός πληθυσμός της πολιτείας-. Η πανούκλα μεταδόθηκε το Γενάρη του 1592 απο ένα πλοίο που ήλθε απο την Κωνσταντινούπολη, και φούντωσε τη Μεγάλη Εβδομάδα του ίδιου χρόνου. Παρ΄όλες τις προσπάθειες των αρχών για απομόνωση των λίγων αρχικά μολυσμένων σπιτιών, το θανατικό απλώθηκε γρήγορα, αποδεκατίζοντας τον πληθυσμό και τους στρατιωτικούς που ζούσαν στο Κάστρο.
Ενα χρονικό της μονής Απεζανών αναφέρει χαρακτιριστικά: "Εις τα 1592 χρόνος κατηραμένος, εγένετο μεγάλο θανατικόν απο πανόκλα... εκράτει ο θάνατος ούτος, απο τας 20 του Μαρτίου, όπου ήτον τότε η λαμπροφόρος Ανάστασις του Χριστού εις τας 26 του Μαρτίου, και έτρεψεν η χαρά μας σε μέγα πένθος... Ο θάνατος ήρχισεν απο τας είκοσι του Μαρτίου έως όλον τον Ιούλιον. Εποθαίνασι την ημέραν διακόσιοι και περισσότεροι, Ερρίχνασι τους νεκρούς άψαλτους και ατίμως ώσπερ τους κύνας..."
Οι γιατροί και οι φαρμακοποιοί που θεράπευαν τους αρρώστους στο λαζαρέττο, και οι κουρείς που έκαναν τις αφαιμάξεις, πέθαιναν ο ένας μετά τον άλλον,όπως και οι νεκροθάφτες που άγγιζαν τα πτώματα. Οπως γράφει ο Προβλεπτής Pasqualigo:"Έβλεπε κανείς τον πατέρα υποχρεωμένο να θάβει ο ίδιος το γυιό του, την αδελφή να θάβει τον αδελφό, και την σύζυγο τον σύζυγο..."
Οι γαιοκτήμονες και οι πλούσιοι αστοί, έφυγαν σε χωριά: "όπου εκρύπτοντο με καλές βίγλες, να μη σιμώνη τινάς εκεί που ευρίσκοντο....", αλλά όσοι έμειναν στην πολιτεία δεν γλύτωσαν. Απο τις εκατό στρατιωτικές περιπόλους, που φύλαγαν τα τείχη την νύκτα, έμειναν έξι. Οι δημόσιες υπηρεσίες δεν λειτουργούσαν, γιατί είχαν πεθάνει οι υπάλληλοι, οι μύλοι δεν άλεθαν και οι φούρνοι δεν έβγαζαν ψωμί, γιατί είχαν πεθάνει οι μυλωνάδες και οι φουρνάρηδες. Ετσι άρχισε η πείνα να βασανίζει τον πληθυσμό που απέμεινε. Τα νωπά τρόφιμα έλειπαν, γιατί απο τα χωριά κανείς δεν ήθελε να πλησιάσει την πολιτεία, και όταν όργανα της εξουσίας πήγαν σε ένα χωριό έξω απο το Κάστρο, ζητώντας να ξαναρχίσει η αποστολή τροφίμων στην αγορά, αντιμετώπισαν εξέργεση των κατοίκων. Τελικά η αρρώστια απλώθηκε και στα χωριά...
"Εις τον αυτόν χρόνον, εις το 1592, αφού έπαυσε λιγάκι το θανατικόν απο τον Ιούλιον μήνα, πάλιν δεν έπαυε ο θάνατος καθημερνά εις την Χώραν, δέκα - δώδεκα κορμία την ημέραν. Μα και εις τα χωρία θάνατος πολύς. Εις τόσον φοβούμενοι οι αφέντες ( δηλ. οι αρχές) μήπως και ανάψη πάλιν το κακό απο τα χωρία εις την Χώραν, έκλεισαν τις πόρτες της Χώρας, και απ΄όξω δεν έμβαινε τινάς μέσα, μήτε τινάς να έβγη όξω. Εγένετο το σφάλισμα τούτο απο τον Νοέμβριο μήνα 1592, έως τες 15 του Αυγούστου 1593. Τον φόρον ( δηλ. την αγορά) είχασιν έξω είς την Πόρτα του Χριστού του Φωτοδότη, κεκλεισμένον με τράβες, να παίρνουσιν οι άνθρωποι της χώρας τα φαγία, να μην αγγίζη τινάς των ανθρώπων, όπου εστέκασιν έξω... και μεγας θόρυβος εις τον λαόν, τον κεκλεισμένον δέκα μήνας...Ακρίβεια μεγάλη εις τους τεχνίτας όλους, διότι λίγοι έμειναν..."
Με τους θανάτους και την μεταφορά των αρρώστων στο λαζαρέττο, πολλά σπίτια έμειναν έρημα, και οι κακοποιοί έμπαιναν την νύκτα και έκλεβαν, δημιουργώντας νέες εστίες αρρώστειας, με τη μεταφορά των κλεμένων και μολυσμένων πραγμάτων. Οσοι πιάνοταν να κλέβουν θανατώνονταν με συνοπτικές διαδικασίες απο τις αρχές, και στις εκκλησίες οι παπάδες απειλούσαν με αφορισμό, όσους δεν φανέρωναν τα κλεμένα για απολύμανση. Με κρεμάλα τιμωρούσε η εξουσία, και εκείνους που έθαβαν τους νεκρούς στούς δρόμους και τους κήπους, και τους αρρώστους που, για να αποφύγουν το λοιμοκαθαρτήριο, έκρυβαν την αρρώστια τους και κυκλοφορούσαν. Η υγειονομική υπηρεσία έκανε με τα μέσα της εποχής κάθε τόσο απολυμάνσεις, που συχνά προκαλούσαν μετο άγγιγμα των αντικειμένων νέες μολύνσεις και νέο φούντωμα του κακού.
Απο τον Απρίλη του 1593, πέρασαν δύο μήνες, χωρίς κρούσματα, και το Κάστρο γιόρτασε με "πάνδημες και πανηγυρικές λιτανείες" αλλά σε λίγο ξανάρχισε το κακό.
"...Πάλιν εις τους 1594 ουκ έλειψεν ο θάνατος, μα έκοπτε συχνάκις και φόβος μέγας εις την Χώραν και τα χωρία, και εκλείσθη η πόλις και μία Πύλη του Παντοκράτορος, ηνοίγη..." Τέλος τα κρούσματα έπαψαν οριστικά το 1595, και ένας μεγάλος ναός υψώθηκε στη Ρούγα για χάρι του προστάτη των πανουκλιασμένων Αγίου Ρόκου. Το Κάστρο ήταν έρημο, και για μιά στιγμή φάνηκε πως θα έσβηνε οριστικά. Περισσότερα απο εκατό άδεια σπίτια κατεδαφίστηκαν απο αυτούς που τα είχαν κληρονομήσει, για να πουληθούν τα κυπαρισσένια δοκάρια στο ναυπηγείο. Οι αρχές απαγόρευσαν τις κατεδαφίσεις αυτές και προσπάθησαν να πυκνώσουν τον πληθυσμό, μα την εγκατάσταση στήν πολιτεία, "προνομοιούχων χωρικών" απο την ύπαιθρο χώρα.
Σημ: Στα τμήματα του κειμένου με πιο έντονους χαρακτήρες διατηρώ το ύφος την στίξη, καθώς και την ορθογραφία της εποχής.
