Ο Μοναχός Ιωακείμ κατά κόσμον Ιωάννης Αντωνάκης, του Νικολάου, γεννήθηκε στο χωριό Ρούπες Ρεθύμνου που βρίσκεται κοντά στην ιστορική Μονή Αρκαδίου. Γεννήθηκε το 1873 και ήταν βραχύσωμος ενώ παρέμεινε αγένειος ως το τέλος της ζωής του.
Λόγω του μικρού του αναστήματος όταν μεν ήταν λαϊκός τον αποκαλούσαν Γιαννιώ, όταν δε έγινε Μοναχός και έλαβε το όνομα Ιωακείμ, τον αποκαλούσαν Ιωακειμάκι και έτσι έμεινε ως τα σήμερα στις διηγήσεις αυτών που τον γνώρισαν και στους Χριστιανούς, όταν μιλούν γι’ αυτόν.
Ευτυχώς διασώθηκε η μοναδική όσο και σημαντική φωτογραφία του, την οποία τράβηξε περιηγητής και στην οποία βρίσκεται ανάμεσα σε δυο νέους με κρητικές ενδυμασίες της εποχής για να φαίνεται η διαφορά του αναστήματος. Στη φωτογραφία αυτή, επειδή προφανώς ο φωτογράφος είχε μετρήσει το ανάστημά του, υπάρχει με τυπογραφικά γράμματα η λεζάντα «Adwari Height, 37 inch. Aged 66 years». Δηλαδή «92,5 ύψος (37 ίντσες). Ηλικία 66 ετών»
.Η φωτογράφιση έγινε σύμφωνα με τη λεζάντα της, όταν ο Μοναχός Ιωακείμ, ήταν 66 χρονών στη Μονὴ Κουδουμά το 1939. Είναι άξιο παρατηρήσεως, ότι φέρει την παραδοσιακή ενδυμασία των τότε κληρικών της Κρήτης. Δηλαδή την κρητικὴ «βράκα» και τα στιβάνια. Αντί γιλέκου φορούσε τη λεγόμενη «σταυρωτὴ» καθώς και τον καλογερικό σκούφο μέσα στον οποίο έχει βάλει την πλούσια κόμη του ενώ ήταν αγένειος. Ο νάνος, «το Γιαννιώ», φοίτησε μέχρι την τρίτη τάξη του δημοτικού σχολείου και θα πρέπει να ήταν απὸ φτωχή οικογένεια, διότι στο Μοναχολόγιο ενώ για άλλους Μοναχούς αναφέρει την αξία της ατομικής τους περιουσίας, στη συγκεκριμένη στήλη με το όνομα «Ιωακειμάκι» υπάρχει κενό.
Στη Μονή προσήλθε το 1900 σε ηλικία 27 ετών επί ηγουμενίας του Οσίου Παρθενίου.
Ο Παρθένιος δεν έδωσε σημασία στη σωματική του αναπηρία η οποία πιθανώς για τους πολλούς να ήταν αστείο θέαμα.
Τον δέχθηκε και τον αγκάλιασε στοργικά, τον συμπεριέλαβε στους δόκιμους Μοναχούς, και τον επέβαλε στις συνειδήσεις Μοναχών και προσκυνητών ως άνθρωπο του Θεού που όχι μόνο δεν είχε καμιά διαφορά από τούς άλλους, αλλά επιπλέον διέθετε καθαρότητα ψυχής.
