Μισό χιλιόμετρο νοτιοδυτικά του Αρκαλοχωρίου, στον Προφήτη Ηλία, βρίσκεται το σφραγισμένο Σπήλαιο του Αρκαλοχωρίου, γνωστό και ως Ιερό Σπήλαιο Προφήτη Ηλία.
Πρόκειται για ακόμη ένα σημαντικό προϊστορικό, λατρευτικό σπήλαιο, μέρος του οποίου θεωρείται ότι κατέρρευσε γύρω στο 1500 π.Χ. Πιθανότερες αιτίες είναι είτε ο σεισμός που ακολούθησε την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, είτε κάποια φυσική διάβρωση του βράχου.
Μια στενή είσοδος (πλάτος 0,70μ. και ύψος 1,60μ.) οδηγεί στο εσωτερικό του σπηλαίου, μέσα στο οποίο λόγω στενότητας του χώρου καθιστά αδύνατη την προσπάθεια να εξερευνήσει κάποιος το εσωτερικό του σπηλαίου, όπως και να περπατήσει μέσα σε αυτό.
Το Σπήλαιο Αρκαλοχωρίου, ήδη από τις αρχές του προηγούμενου αιώνα, τράβηξε το ενδιαφέρον μεγάλων Ελλήνων αρχαιολόγων. Μόλις το 1912, ο Ι. Χατζιδάκης ξεκίνησε τις ανασκαφές στο χώρο, τις οποίες συνέχισαν αργότερα Σπύρος Μαρινάτος και ο Νικόλαος Πλάτωνας.
Αξιόλογα ευρήματα ήρθαν στο φως της δημοσιότητας μέσα από τις έρευνές τους όπως, πρωτομινωικά αγγεία, εκατοντάδες διπλούς πελέκεις, συμπεριλαμβανομένων και δυο ενεπίγραφων σε γραμμική Α γραφή, καθώς και χάλκινα εγχειρίδια και ξίφη. Στα τελευταία μάλιστα, βρίσκεται το μακρύτερο σωζόμενο ξίφος της προϊστορικής Ελλάδας, μήκους 1,05 μέτρων.
Σίγουρα είναι θετικό το γεγονός ότι μερικά από τα πιο εντυπωσιακά από τα ευρήματα του σπηλαίου, μπορεί να δει κανείς σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Σύμφωνα με την επικρατέστερη μέχρι σήμερα άποψη, ο χώρος αυτός χρησιμοποιήθηκε ως τόπος λατρείας, ενδεχομένως κάποιας πολεμικής θεότητας, καθώς τα σωζόμενα αφιερώματα είναι κυρίως όπλα. Παράλληλα, είναι πιθανόν, να λειτούργησε εδώ και εργαστήριο χαλκού, όπως μαρτυρούν ευρήματα από ακατέργαστες μάζες πηλού.
Ωστόσο, ο καθηγητής Gareth Owens, μελετητής του δίσκου της Φαιστού, έχει μια διαφορετική προσέγγιση, καθώς διατύπωσε την άποψη ότι το Σπήλαιο του Αρκαλοχωρίου πιθανότατα ταυτίζεται με το Λαβύρινθο της Μινωικής Κρήτης (c.2000-1400 π.Χ.), όπως συνάγεται από το πλήθος των διπλών πελέκεων που εντοπίστηκαν εντός του.
Η συσχέτιση αυτή οφείλεται στο όνομα «Λαβύρινθος», το οποίο συντίθεται από δύο στοιχεία της προελληνικής, ινδοευρωπαϊκής, μινωικής γλώσσας, δηλαδή τη λέξη «Λάβρυς» (Διπλός Πέλεκυς) και την κατάληξη –νθος (τόπος), κατ’ επέκταση λοιπόν, σημαίνει την «οικία του διπλού πέλεκυ». Ο τελευταίος μάλιστα, νοείται εδώ ως σύμβολο εξουσίας.
